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RNA

RNA 抽出法 |リアルタイムPCR |遺伝子発現マイクロアレイ

RNA解析フローチャート

Total RNA 抽出法

  1. 市販抽出液による抽出
    1. 抽出液中でのホモジネート
    2. 酸性フェノール/クロロホルム抽出
    3. アルコール沈殿
    4. DNase I 処理
    5. 酸性フェノール/クロロホルム抽出
    6. アルコール沈殿
    7.  
      TRIZOLによる抽出例  TRIZOLによる培養細胞からの抽出例 
      例:TRIZOLによる組織からの抽出  例:TRIZOLによる培養細胞からの抽出 

  2. スピンカラムによる抽出
    1. 溶解液でホモジネート
    2. スピンカラムに吸着
    3. DNase I 処理
    4. 洗浄
    5. 回収
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遺伝子発現マイクロアレイ

現在、アジレント社の1color 解析法(1サンプル/1解析)を導入しています。アレイ用チップは各利用者の方で購入していただきますが、スキャナーに対応していないチップもありますのでお問い合わせ下さい。その他の消耗品はすべて当センターに用意されています。 マイクロアレイ実験は、サンプリングの段階から実験結果に影響するような事象が多いため、より正確な結果を得るために実験計画から打ち合わせをお願いしています。打ち合せにはウェット実験を担当する核酸部門、データ解析を担当する情報部門の両担当者と合同で行います。お申し込みの際は核酸部門もしくは情報部門に問い合わせをしていただければ、打ち合わせ日程を調整させていただきます。

解析の流れ

  1. 依頼内容の打ち合わせ
  2. 解析依頼書の作成・申し込み
  3. サンプルの調整・品質チェック
  4. アレイ実験(ラベリング・ハイブリダイゼーション)
  5. 情報部門へスキャン・数値化データの引き渡し
  6. アレイデータ解析

サンプルについて

  • 1サンプルあたり1μgのTotal RNAが必要です。この量に満たない場合でも実験は可能ですが、必ず事前にご相談ください。サンプル調整には下記の推奨試薬を使用してください。また、組織・細胞からのRNA抽出も承っておりますが、推奨するサンプル保存液がありますので、事前にご相談下さい。
  • サンプル濃度は100ng/μl以上になるようにNuclease Free Waterに溶解してください。DEPC水は反応を阻害する場合がありますので、使用しないで下さい。
  • 当センターに用意されている推奨試薬
    • サンプル保存方法;RNAlater(Ambion)
    • RNA抽出;TRIzol(Invitrogen)、RNAeasy(キアゲン)

品質チェックについて

アレイ実験前にバイオアナライザにてRNAの品質チェックを行います。分解等が見られた基準以下のRNAサンプルに関しましては、利用者に解析続行もしくはサンプルの再提出の判断をお願いしています。

結果について

バイオアナライザを用いたサンプル品質チェック結果はPDFファイルでメールいたします。

スキャンデータと数値化データはCD-Rでお届けします。

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