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マイクロアレイ

生命科学統合支援センターのマイクロアレイチームが担当します。
サンプル調製、バイオアナライザーによるサンプルのクオリティチェック、マイクロアレイ実験(ラベリング・ハイブリダイズ・スキャン)、データ解析をサポートします。現在、生命科学統合支援センターにて対応可能なマイクロアレイ実験は、一色法による Agilent 社の遺伝子発現解析用マイクロアレイ、および miRNA 用マイクロアレイです。サンプル調製のみ、データ解析のみの支援要望等にも随時対応しますのでご相談下さい。

支援業務内容 担当者
サンプル調製、QCチェック 松澤、王、横山
マイクロアレイ実験 松澤、王、横山
マイクロアレイデータ解析 田中、林、伊嵜

問い合わせ先

生命科学統合支援センター情報部門 田中(内線2588)


解析の流れ

解析の流れは下図の通りです。各ステップの詳細については各項目をご参照下さい。

   


サンプル調製・QCチェック

各サンプルからの RNA抽出、および精製を承ります。
サンプルについては、マイクロアレイ実験に使用する前にバイオアナライザーによる RNA のクオリティチェックを必ず行い、マイクロアレイ実験に必要な量・質の基準を満たしているかどうかを確認します。 一般的な目安として、バイオアナライザーにて RIN 値 8.0以上、かつ 1ug 程度の total RNA 量が確保できれば遺伝子発現解析用アレイ実験には充分です。バイオアナライザーの解析チップは、1 枚で 11 サンプルまで解析出来ます。

Bioanalyzer   Bioanalyzer_data

Agilent社 バイオアナライザー

 

バイオアナライザー 取得データ (電気泳動図)


マイクロアレイ実験

現在、生命科学統合支援センター所有の Agilent 社 SureScan マイクロアレイスキャナを主に使用しております。

 マイクロアレイチップは、ユーザーご自身にご購入して頂いています。

価格はメーカーサイトにてご確認下さい。
 ・8x60K タイプ (8 sample/1枚) で約~23万円/枚
    Bioanalyzer

・4x44K タイプ (4 sample/1枚) で約~13万円/枚
    Bioanalyzer

アレイ規格や発注枚数単位に応じて、発注してから納入までに1~3ヶ月程度かかる場合がありますので
実験計画を立てる際にはご注意下さい。

マイクロアレイ実験に必要な試薬・消耗品は支援センターにて用意しており、実際に使用した利用分のみを実費請求させて頂いています。詳細はマイクロアレイ解析料金ページ (東海大学内からのみアクセス可能) をご覧下さい。

納期は依頼件数の状況にも影響されますが、QCチェックをパスしたサンプルおよびアレイチップが揃ってから約2~3週間程度でマイクロアレイ実験・データ取得可能です。

ArrayScanner
左: Agilent 社マイクロアレイスキャナ (G2505A)、右: Agilent 社 SureScan マイクロアレイスキャナ (G2600D)、


マイクロアレイデータ解析

マイクロアレイデータ解析につきましては支援センター情報部門が担当します。核酸部門よりアレイデータ取得完了の連絡が届き次第、具体的な解析方針についてご相談させて頂きます。取得されたマイクロアレイデータについて、どのような比較解析を行うかをご相談の上、発現変動遺伝子リストの抽出を行います。さらに抽出された変動遺伝子リスト群のベン図比較や機能分類解析等を、ご要望に応じて随時ご説明・ご相談させて頂きながら行います。依頼件数の状況・解析内容にもよりますが、情報部門でマイクロアレイデータをお預かりしてから通常1~2週間ほどで最初の解析結果データをお渡ししております。

外注でのマイクロアレイデータの解析にも対応していますのでご相談下さい。データ解析につきましては Affymetrix 社の遺伝子発現アレイチップにも対応可能です。

マイクロアレイデータ解析の利用料金についてはマイクロアレイ解析料金ページ (東海大学内からのみアクセス可能) をご覧下さい。

 

 

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