DNA

ゲノムDNA抽出法

血液、組織、培養細胞などから目的に応じたＤＮＡの抽出をおこないます。またパラフィン切片からのDNA抽出もおこないます。

• 全血からの抽出（PCR用、1ml以下）
  1. Triton X-100による溶血
  2. グアニジン塩酸による可溶化
  3. アルコール沈殿
• 全血からの抽出
  1. 塩化アンモニウムによる溶血またはデキストランによる白血球分離
  2. RNase A、Proteinase K　処理
  3. フェノール/クロロフォルム抽出
  4. アルコール沈殿
• Tailからの抽出
  1. Proteinase K 処理
  2. フェノール/クロロフォルム抽出
  3. アルコール沈殿
• 培養細胞･組織からの抽出
  1. ホモジネート
  2. RNase A、Proteinase K　処理
  3. フェノール/クロロフォルム抽出
  4. アルコール沈殿
• パラフィン切片からの抽出
  1. レモゾールによるパラフィン除去
  2. Proteinase K　処理
  3. フェノール/クロロフォルム抽出
  4. アルコール沈殿

ＰＣＲ産物の精製法

• PCR反応液からの抽出
  1. 高塩濃度溶液による希釈
  2. ガラスビーズまたはスピンカラムへの吸着
  3. 洗浄
  4. 回収
• アガロースゲルからの抽出
  1. ヨウ化ナトリウムによる溶解
  2. ガラスビーズまたはスピンカラムへの吸着
  3. 洗浄
  4. 回収
• アガロースゲルからの抽出　簡易法
  1. 中和フェノール中で細粉
  2. 凍結
  3. TE抽出
  4. アルコール沈殿

プラスミドDNA精製法

キットなどによる高純度プラスミドの抽出をおこないます。

• 簡易精製－１　(少量から大量精製)
  1. 集菌
  2. SDS/NaOH　処理後　中和
  3. ガラスビーズまたはスピンカラムへの吸着
  4. 洗浄
  5. 回収
• 簡易精製－２　(大量精製)
  1. 集菌
  2. SDS/NaOH　処理後　中和
  3. フィルター濾過
  4. 限外濾過膜による遠心濃縮
• 高純度精製　(大量精製)
  1. 集菌
  2. SDS/NaOH　処理後　中和
  3. アルコール沈殿
  4. LiCl 処理
  5. アルコール沈殿
  6. PEG 沈殿
  7. フェノール/クロロフォルム抽出
  8. アルコール沈殿

ＰＣＲについて

プライマーの設計からPCR条件の検討も含め、目的遺伝子の増幅をおこないます。

• プライマーの設計 （情報科学部門）
  1. データベースなどから目的の配列を取得
  2. プライマーの塩基数、PCR産物のサイズなどから候補となるプライマーの組み合わせを探す　
  3. 候補プライマーの配列でデータベースサーチをおこなう
  4. 最適の配列を決定
• PCR条件検討
  1. グラジエント機能の付いたサーマルサイクラーでアニーリング温度を決定
  2. PCR産物をアガロース電気泳動でサイズ確認
  3. 必要があればシークエンサーで配列確認

DNAシークエンス

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次世代シークエンス

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