情報解析

医学あるいは生命科学研究におけるデータ解析をサポートしています。

現在の医学あるいは生命科学研究は、ゲノムの情報、mRNA発現量の情報、細胞表面抗原や細胞内タンパク質発現量の情報、組織の特定の細胞数の情報、生理学的変化の情報、動物等での行動解析の情報等、多くの情報を駆使して研究することが重要です。

また、クローン化した遺伝子のデータベース、ゲノム情報のデータベース、細胞株のデータベース、遺伝子発現のデータベース、ノックアウトあるいはジーントラップES細胞のデータベース、遺伝子操作マウスのデータベースなど多くの信頼できるデータベースに容易にアクセスする事が研究の鍵となります。

研究者に情報解析のために必要な技術やノウハウを提供する事、信頼できるデータベースを紹介し、大学院生および特に研究時間をとりにくい臨床研究者にサービスを提供する事がこの分野での任務です。

次世代シークエンサーも２００９年度に導入された事から、東海大学が得意とするゲノム解析にも教員とともに積極的に取り組んで行きます。

情報解析に関する問い合わせ：　内線 2588

次世代シークエンサーから取得された膨大な量の塩基配列データについて、標準ゲノム配列に基づくマッピング処理・バリアント候補リストなどの抽出を行います。

マイクロアレイ実験から得られた遺伝子発現データについて、GeneSpringGXソフトウエアを用いて発現量変動遺伝子群を抽出し、リストをお渡しします。

一般的なサンガーシークエンスデータについて、シークエンサーから出力される生データファイルから塩基配列データを抽出します。数百の塩基配列データを同時に解析することが可能です。
複数の塩基配列データに対してアラインメント処理を行い、SNP部位を特定した後、そのSNPがコード領域にあるのかどうか、同義置換なのか非同義置換であるのか、新規のSNPであるのか既知のSNPであるのか、そうした情報を付加して結果をお渡しすることができます。

PCR用のプライマーやRealTimePCR用のプローブの設計を行い、候補となる数組のプライマー塩基配列データをお渡しします。
ゲノムDNAをテンプレートとしたPCRの場合、増幅したい標的遺伝子名を指定して頂ければ、公共バイオデータベースを調査し、対象領域となるDNA配列を取得しプライマー設計することも可能です。

公開されている各種バイオデータベースを活用し、その利用方法をはじめ、 DNA配列やSNP情報の取得、既知の発現情報、転写因子結合部位予測等、利用者の目的とする情報を収集し、集約した結果をお渡しいたします。

情報解析室 (2E06) のパソコンにて、各種解析ソフトをご利用頂けます。

主な解析ソフト

テキスト形式のファイルから、必要なデータのみを抽出したり、並べ替えるプログラムを作成いたします。
例）SNPタイピング結果データを、各種解析用ソフトウェア(GenePop,Haploview等）の入力ファイル形式に変換する。