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利用内容

次世代シークエンスデータ解析

次世代シークエンサーから取得された膨大な量の塩基配列データについて、標準ゲノム配列に基づくマッピング処理・バリアント候補リストなどの抽出をおこないます。

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マイクロアレイデータ解析

マイクロアレイ実験から得られた遺伝子発現データについて、GeneSpringGXソフトウエアを用いて発現量変動遺伝子群を抽出し、リストをお渡しします。

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マイクロアレイ分析イメージ

シークエンス波形データ解析

  • 一般的なサンガーシークエンスデータについて、シークエンサーから出力される生データファイルから塩基配列データを抽出します。 数百の塩基配列データを同時に解析することが可能です。
  • 複数の塩基配列データに対してアラインメント処理を行い、SNP部位を特定した後、そのSNPがコード領域にあるのかどうか、同義置換なのか非同義置換であるのか、 新規のSNPであるのか既知のSNPであるのか、 そうした情報を付加して結果をお渡しすることができます。

プライマーデザイン

  • PCR用のプライマーやRealTimePCR用のプローブの設計を行い、 候補となる数組のプライマー塩基配列データをお渡しします。
  • ゲノムDNAをテンプレートとしたPCRの場合、増幅したい標的遺伝子名を 指定して頂ければ、情報科学部門にて公共バイオデータベースを調査し、 対象領域となるDNA配列を取得しプライマー設計することも可能です。

バイオデータベース検索

  • 公開されている各種バイオデータベースを活用し、その利用方法をはじめ、 DNA配列やSNP情報の取得、既知の発現情報、転写因子結合部位予測等、 利用者の目的とする情報を収集し、集約した結果をお渡しいたします。

解析ソフトの利用

情報科学部門室のパソコンにて、各種解析ソフトをご利用頂けます。
主な解析ソフト
  • GeneSpringGX :マイクロアレイデータ解析用ソフトウェア
  • Sequencher :シークエンス波形データ解析用ソフトウェア

解析支援プログラム作成

  • テキスト形式のファイルから、必要なデータのみを抽出したり、 並べ替えるプログラムを作成いたします。 例)SNPタイピング結果データを、各種解析用ソフトウェア(GenePop,Haploview等) の入力ファイル形式に変換する。

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