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次世代シーケンシング

生命科学統合支援センターの次世代シーケンシングチームが担当します。
サンプル調製・次世代シーケンスRun・解析(mapping・変異部位抽出等)をサポートします。サンプル調製のみ、解析のみの支援要望等にも随時対応しますのでご相談下さい。

支援業務内容 担当者
・サンプル調製 松澤、河田、王、横山
・次世代シーケンサーRun 王、河田、横山、林
・次世代シークエンスデータ解析 田中、林、伊嵜

問い合わせ先

生命科学統合支援センター核酸部門 王(内線2584)

解析の流れ

解析の流れは下図の通りです。各ステップの詳細については各項目をご参照下さい。

ngs_flow

サンプル調製について

各サンプルからのDNA抽出・RNA抽出、及び精製を承ります。バイオアナライザーによるDNA・RNAのクオリティチェックも併せて行い、各種次世代シーケンス用ライブラリ作製に必要な量・質の基準を満たしているか確認します。 必要とされるDNA量等は、使用する各アプリケーションによって異なります。

次世代シーケンスRunについて

現在伊勢原キャンパスでは、基盤診療学系法医学所有の「Ion PGMシステム」、及び私立大学戦略的研究基盤形成事業プロジェクトの『高分子超薄膜から創成する次世代医用技術』で導入された機器「MiSeq」を生命科学統合支援センターの研究支援業務に使用させて頂いております。

次世代シーケンスはサンプル調製、ライブラリ作製、分析、データ解析の順で行います。 ライブラリ作製キット、ラン試薬キットについては目的により使用するキットが異なることから、 現在はユーザーご自身にご購入して頂いております。ご用意頂いたライブラリを核酸部門が分析し、データ解析を情報部門が行っています。詳細な支援内容、及び利用料金についてはお問い合わせ下さい。

Ion PGM

IonPGM
Thermo Fisher Scientific 社 Ion PGM

MiSeq

MiSeq.jpgMiSeq
Illumina 社 MiSeq

 

データ解析について

データ解析は支援センター情報部門が担当します。一次解析 (リードデータのQCトリミング・参照配列へのmapping等)、二次解析 (変異部位のコール・変異部位のアノテーション・サンプル間での比較解析等) など、ご要望に応じて対応しています。また、外注でのシーケンスデータの解析にも対応していますのでご相談下さい。利用料金については 料金ページ (東海大学内からのみアクセス可能) をご覧下さい。

 

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